La era Gilmour y la partida de Roger Waters

En diciembre de 1985, Waters anunció la separación de Pink Floyd, describiendo a la banda como una «fuerza agotada». No obstante, en 1986 Gilmour y Mason comenzaron a grabar un nuevo álbum bajo el nombre de Pink Floyd. Una agria disputa legal llevó a Roger a reclamar que el nombre de Pink Floyd debería haber sido abandonado, pero Gilmour y Mason mantuvieron su intención de grabar con ese nombre, declarando que eran ellos quienes tenían sus derechos legales. Finalmente, la demanda fue llevada a los juzgados, y los derechos fueron adquiridos por Gilmour y Mason.
Después de barajar varios títulos, el nuevo álbum fue publicado como A Momentary Lapse of Reason, y alcanzó el tercer puesto en los EE.UU. y en el Reino Unido. Sin Waters, que había sido el principal motor compositivo, la banda se apoyó en compositores de fuera, lo que provocó muchas críticas. Bob Ezrin actuó como coproductor junto con Jon Carin, y ambos aportaron composiciones al trabajo. Carin también interpretó la mayoría de las partes de teclado a pesar de la vuelta de Wright,en un principio como músico asalariado y luego como miembro oficial. Gilmour declaró posteriormente que Mason y Wright apenas habían participado en el disco, y es a causa de esto por lo que muchos críticos consideran que A Momentary Lapse of Reason debería ser un álbum en solitario del guitarrista inglés, del mismo modo que The Final Cut debería ser un álbum en solitario de Waters.
Un año después la banda publicó un álbum doble en directo acompañado de un vídeo del concierto, llamado Delicate Sound of Thunder, que fue grabado en una serie de conciertos en Long Island, Estados Unidos, y posteriormente grabó una serie de pistas para La Carrera Panamericana, un vídeo de la competición mexicana del mismo nombre. En esta carrera, que tenía como participantes a Mason y a Gilmour, éste último tuvo un accidente junto con su copiloto, el mánager Steve O'Rourke, que se rompió la pierna, aunque Gilmour sólo sufrió algunos rasguños.Estas pistas, todas ellas instrumentales, presentan las primeras composiciones de Wright desde 1975, y las primeras de Mason desde 1973.

En 1992 se publicó el box set Shine On, que incluye las reediciones de los discos A Saucerful of Secrets, Meddle, The Dark Side of the Moon, Wish You Were Here, Animals, The Wall y A Momentary Lapse of Reason junto con un disco adicional llamado The Early Singles. Ese mismo año también se publicó Amused to Death, el nuevo trabajo en solitario de Roger Waters.